Mit folgendem Trick kann man einen im GUI unsichtbaren Ordner erstellen (z.B. auf dem Desktop)

Neuen Ordner anlegen und als Ordnername
Alt+(Numpad + 0160) wählen.

Es wird ein Ordner angelegt, welcher als Name ein unsichtbares Zeichen enthält. Somit wäre schon mal der Name des Ordners „unsichtbar“.

Weiterhin benötigen wir jetzt noch ein unsichtbares Icon, welches wir über

Properties –> Customize –> Change Icon

In der 13. Spalte der Icon Liste der „shell32.dll“ befinden sich 3 leere Icons. Wir wählen eines dieser „leeren“ Icons aus und bestätigen alle Dialoge.

Voila, der Ordner ist unsichtbar auf dem Desktop und kann nur geöffnet werden, wenn man dessen Klick-Position auf dem Desktop kennt.